Breedmaster enthält ein umfangreiches Rechtesystem, welches auf Benutzerebenen basiert. So ist es z. B. möglich einem Hauptzuchtwart mehr Rechte als den Zuchtwarten einzuräumen. Der Zuchtbuchführer hingegen hat ganz andere Zugriffsrechte wie ein Richterobmann etc.

Dadurch kann Breedmaster auf die jeweiligen Vereinsstrukturen ohne großen Aufwand exakt angepasst werden.

Die Verwaltung erfolgt über den Menüpunkt Benutzerverwaltung im Administrationsmenü. Der Bereich Benutzerlevel ermöglicht den Zugriff auf die einzelnen Tabellen, wohingegen die Erweiterten Benutzerrechte (Extended Permissions) zusätzliche Feinjustierungen erlauben.